La contabilidad para e-commerce en Chile exige emitir documentos tributarios electrónicos, declarar IVA del 19% mensualmente y registrar cada venta en el RCV.
Desde enero de 2026, el SII puede ordenar retención automática de IVA en la plataforma de pago si detecta incumplimientos. Eso golpea el flujo de caja antes de que te des cuenta.
La Ley 21.713, vigente desde octubre de 2025, amplió el régimen simplificado de IVA digital a plataformas extranjeras. Las reglas cambiaron para quienes venden en marketplaces globales.
Obligaciones tributarias por plataforma: MercadoLibre, Shopify, WooCommerce y marketplaces extranjeros
Cada plataforma tiene un tratamiento tributario distinto en Chile. Para una correcta contabilidad para e-commerce en Chile, necesitas saber qué documento emitir y cómo declarar ante el SII.
| Plataforma | Documento a emitir | ¿Retiene IVA? | Cómo se declara |
|---|---|---|---|
| MercadoLibre | Boleta o factura electrónica | No. El vendedor declara directamente | Formulario 29, día 20 de cada mes |
| Shopify | Boleta o factura vía integración (Bsale, Defontana, Nubox) | No. Shopify no emite DTE válidos en Chile | Formulario 29 con DTE emitidos por el sistema integrado |
| WooCommerce | Boleta o factura electrónica vía plugin certificado SII | No. El vendedor emite y declara | Formulario 29 mensual |
| Marketplaces extranjeros (Amazon, Etsy) | Depende del régimen Ley 21.713 | La plataforma puede retener IVA si está inscrita ante el SII | Formulario 29; revisar si la plataforma ya declaró por ti |
Lo más importante: ningún marketplace chileno retiene IVA por ti. La obligación de declarar siempre recae sobre el vendedor registrado ante el SII.
¿Cómo iniciar actividades en el SII para un e-commerce? Pasos concretos
Iniciar actividades correctamente define tu carga tributaria desde el primer día. La contabilidad para e-commerce en Chile empieza aquí: muchos vendedores omiten pasos y acumulan diferencias.
- Ingresa a sii.cl con tu RUT y clave tributaria.
- Declara inicio de actividades: selecciona el giro «Comercio al por menor por internet» (código 479100).
- Elige tu régimen tributario: Pro Pyme o General, según tus ventas anuales proyectadas.
- Timbra folios DTE: solicita folios para boleta y factura electrónica en el portal del SII.
- Configura el RCV: activa el Registro de Compras y Ventas para registros en tiempo real.
- Conecta tu plataforma: integra Shopify o WooCommerce con un software certificado por el SII.
Si vendes como persona natural, el inicio de actividades es suficiente. Si operas como empresa, necesitas además el RUT de la sociedad activo ante el SII.
¿Boleta o factura? IVA en ventas online: dudas frecuentes del vendedor PYME
La respuesta depende del comprador: consumidor final recibe boleta electrónica; empresa que pide crédito fiscal recibe factura electrónica. Ambos son obligatorios según el art. 52 del DL 825.
¿Qué pasa con el IVA en MercadoLibre Chile?
El IVA en MercadoLibre Chile no lo retiene ni declara la plataforma. Tú emites la boleta o factura por cada venta y declaras el débito fiscal en tu Formulario 29 mensual.
Las comisiones que MercadoLibre te cobra vienen con factura de proveedor. Eso genera IVA crédito fiscal que puedes descontar del débito del mes.
Atención: el SII exige declarar el precio bruto con IVA incluido, no el monto neto que recibes en tu cuenta bancaria.
¿Cómo facturar una venta online si Shopify no tiene integración nativa con el SII?
La tributación en Shopify requiere conectar la tienda a un software certificado: Bsale, Defontana, Nubox o Alegra vía API. Shopify por sí solo no emite boletas ni facturas válidas en Chile.
Configura el IVA en Shopify al 19% para ventas nacionales. Las exportaciones pueden quedar exentas bajo el art. 12 del DL 825 si cumples los requisitos.
¿Cómo se declara la comisión del marketplace en la contabilidad?
La comisión del marketplace es un gasto deducible respaldado con la factura electrónica que emite la plataforma.
Regístrala en el libro de compras como crédito fiscal del período correspondiente. Si omites este registro, pagas más IVA del que corresponde y pierdes un beneficio real.
Checklist de contabilidad para e-commerce en Chile: obligaciones mensuales
Revisa este listado antes del día 20 de cada mes, que es el plazo del Formulario 29 ante el SII.
- RCV actualizado: verifica que todos los DTE emitidos y recibidos estén en el Registro de Compras y Ventas.
- Conciliación de marketplace: cruza el reporte de ventas con los DTE emitidos. Las diferencias se corrigen antes de declarar.
- Formulario 29: declara y paga IVA débito menos IVA crédito antes del día 20.
- PPM: en régimen Pro Pyme, paga el 0,25% sobre ventas netas.
- Notas de crédito: emite nota de crédito electrónica por cada devolución del mes anterior.
- IVA crédito de publicidad digital: incluye facturas de Google Ads y Meta Ads en tu libro de compras.
La conciliación entre cobros del marketplace y DTE emitidos es donde más errores aparecen. Un descuadre pequeño puede generar una notificación del SII meses después.
Retención automática de IVA desde enero de 2026: cómo proteger tu liquidez en la contabilidad para e-commerce en Chile
Desde enero de 2026, el SII puede ordenar que el medio de pago retenga el IVA directamente al procesar la transacción, si detecta incumplimientos del vendedor.
El ejemplo concreto: si vendes $100.000 y el SII activa la retención, recibes $81.000 y $19.000 van directo al Fisco. No recuperas ese dinero.
Para evitarlo: mantén el F29 al día y el RCV sin diferencias. Emite DTE por el 100% de tus ventas sin excepción.
El SII registró más de 4.500 millones de DTE en 2023 (SII, Estadísticas de Facturación Electrónica, 2023). El cruce de datos es cada vez más automático.
Régimen Pro Pyme o General: cuál conviene a tu tienda online
El régimen Pro Pyme (Ley 21.210) aplica si tus ventas anuales no superan las 75.000 UF.
El PPM es del 0,25% y la contabilidad para e-commerce en Chile resulta más simple que en el régimen General.
Más del 80% de las PYMES chilenas tributan en régimen Pro Pyme (SII, Nómina de Contribuyentes, 2024). Para la mayoría de tiendas online, es el punto de partida correcto.
Si superas las 75.000 UF anuales, pasas al régimen General con contabilidad completa bajo IFRS y necesitas un contador dedicado.
¿Tu tienda online ya cumple con el SII? Los Contadores SpA puede ayudarte con la contabilidad para e-commerce en Chile
En Los Contadores SpA llevamos más de 15 años trabajando con PYMES chilenas. Conocemos los errores más comunes en tiendas online.
Nuestro equipo se especializa en contabilidad para e-commerce en Chile. Ofrecemos setup contable inicial e integración con Shopify y MercadoLibre.
También cubrimos declaraciones mensuales y asesoría directa ante el SII si recibes una notificación.
Estos son los errores que resolvemos con más frecuencia:
- RCV desactualizado con diferencias no detectadas a tiempo.
- Comisiones de marketplace sin registrar como crédito fiscal.
- Declaraciones fuera de plazo con multas e intereses acumulados.
- Integración deficiente entre la tienda online y el sistema de facturación.
Si quieres ordenar tu operación antes de una fiscalización, contáctanos y agenda una reunión con nuestro equipo.
